L'ancien édifice prédécesseur de l'actuelle église municipale datait de l'époque de l'agrandissement systématique de la cité sous le roi Rodolphe Ier et était également inclu dans les défenses de la ville. Cette église était consacrée au saint de la maison des Habsbourg St Léger («Leodegar») d'Autun. Au 15e siècle, le patron changea de St Léger à la mère de Dieu, c'est pourquoi on parle aujourd'hui de l'église de Notre-Dame. Sa nouvelle construction a été envisagée à la fin du 18e siècle et a ainsi été commencée en l'an 1804. Sous la surveillance de l'État surgit ainsi une maison de Dieu au style néo-classique, telle que nous la voyons encore aujourd'hui. Après sa reconstruction, l'église de Notre-Dame a été consacrée en plus de Marie également à St Jean-Baptiste, cela en souvenir de la seconde église paroissiale de Waldshut qui fut démolie à la même époque sans être remplacée et dont les restes trouvèrent essentiellement un usage en tant que matériau de construction pour la reconstruction de l'église de Notre-Dame. La population de Waldshut tenta en vain encore en 1804 de préserver au moins la tour avec le carillon de l'église St Jean, tous deux étant considérés comme l'emblème de la ville.