Le bâtiment, construit au début du XVIe siècle, servit de résidence au Président du Conseil Provincial d'Alsace entre 1658 et 1674. Il appartint ensuite ä Henriette de Peschery, puis au sieur Naussé, Maitre des eaux et forêts d'Alsace.
L'édifice fut racheté en 1747 par le lieutenant-colonel de cavalerie Charles-Ferdinand de Cointet, entré au service de Louis XIV en 1699 et récompensé par Louis XV qui lui confia en 1735 l'office de bailli d'Ensisheim.

En 1755, Charles-Ferdinand de Cointet fit donation de son hôtel ä son fils Henri-François, qui s'y installa dès 1760, faisant réaliser dans sa demeure d'importants travaux d'aménagement pour y loger sa famille devenue riche. Richement meublé pour son temps, l'hôtel Cointet devint l'une des plus belles résidences de la ville.

Le bâtiment est resté propriété de la famille Cointet jusqu'en 1816, date à laquelle il fut racheté par la commune pour servir de caserne. En 1910, il devint école de filles, puis hôpital militaire, perception et enfin mairie depuis 1992. L'édifice subit de nombreuses transformations au cours de ses différentes affectations.