Le cycle de vitraux préservé en grande partie de manière homogène fait partie du patrimoine culturel de valeur européenne. Il apparaît entre 1325 et 1330 et présente des influences aussi bien des écoles du Haut-Rhin que de celles du lac de Constance.
Les enfants du roi assassiné Albert et d'autres membres de la maison des Habsbourg ont contribué à sa création. Le schéma des fenêtres du chœur fut établi par des théologiens religieux et par des lettrés de la cour:
1) La Passion du Christ
2) L'Incarnation du Christ
3) L'apparition du Christ après sa mort
4) La vie de St-Jean-Baptiste et de Ste-Catherine
5) La vie de l'apôtre Paul
6) Les six apôtres
7) Les six apôtres
8) La vie de St-François
9) La vie de St-Nicolas
10) La vie de Ste-Anne
11) La vie de Ste-Claire