Säckingen était l'une des quatre villes forestières d'Autriche antérieure, avec Rheinfelden, Laufenburg et Waldshut. La ville fut longtemps une île sur le Rhin, jusqu'à ce qu'on combla le bras droit du Rhin,en 1830.

Le monastère bénédictin St Blasien a été pendant des siècles le centre du territoire. Il fut construit au IXe siècle par des moines.